ВНИМАНИЕ, использование root для входа в систему всегда плохая практика. Эта заметка предназначена для особого случая или для работы с средой разработки.
Открываем конфиг:
vi /etc/proftpd/proftpd.conf
Добавляем в конец файла:
<Global> RootLogin on UseFtpUsers off </Global>
Перезапускаем службу:
service proftpd restart