Если закрепить ярлык Chrome в доке, то после его запуска появляется еще один ярлык, отвечающий за активное окно. Данная проблема впервые была замечена мной в Fedora 22, но подобная ситуация может быть и в других дистрибутивах. Для исправления необходимо внести изменения в ярлык запуска.
Открываем с правами на редактирования файл:
sudo nano /usr/share/applications/google-chrome.desktop
Добавляем параметр StartupWMClass=Google-chrome-stable в следующие секции:
[Desktop Entry] [NewWindow Shortcut Group] [NewIncognito Shortcut Group]
Как вариант можно установить бета версию google-chrome-beta, там эта проблема исправлена.